Berdasarkan jumlah lensa mata (eye piece)
- Satu mata – Mikroskop monokuler
- Dua mata – Mikroskop binokuler
- Tiga mata – Mikroskop trinokuler
Berdasarkan kegunaan atau pemakaian mikroskop
Mikroskop untuk belajar (Student / School Microscope)
Dapat berbentuk mikroskop monokuler atau binokuler, dilengkapi dengan lensa okuler dengan perbesar 10 – 15 kali, dan perbesar lensa obyektif 10 kali, 40 kali dan 100 kali. Sebagai sumber cahaya dapat digunakan cahaya putih (matahari atau lampu) yang dikumpulkan dan dipantulkan melalui cermin cekung. Ada pula yang dilengkapi dengan lampu halogen sebagai sumber cahaya atau digunakan lampu mikroskop (halogen) yang terpisah dari mikroskop, dan dipantulkan melalui cermin cekung.
Mikroskop untuk bekerja di laboratorium (Routine Laboratory Microscope)
Jenis mikroskop ini biasanya ialah mikroskop binokuler yang dipergunakan untuk bekerja rutin di laboratorium. Perbesar okulernya 10 kali – 15 kali, perbesaran obyektif 10 kali – 200 kali. Sebagai sumber cahaya adalah lampu halogen, dan pada umumnya ketelitian pemisahnya lebih baik daripada student microscope.
Mikroskop dengan sistem dan fasa kontras (System and Phase Contrast Microscope)
Yaitu jenis mikroskop yang dibuat dengan konstruksi sedemikian rupa sehingga dapat dipergunakan untuk melihat obyek pada medan gelap dan terang.
Mikroskop laboratorium untuk kejadian cahaya imuno-flurescence dan transmisi medan cahaya yang kuat
Jenis mikroskop ini dipergunakan untuk mengamati obyek pada cahaya berpendar dan sumber cahaya kuat.
Mikroskop cahaya terpolarisasi
Dipergunakan untuk mengamati obyek pada cahaya terpolarisasi