Di dalam alam bebas kita dapati banyak mikroorganisme dari berbagai genus maupun dari berbagai spesies hidup berkumpul bersama. Mereka makhluk hidup, berkembang biak dan membutuhkan makanan (nutrisi). Mereka berkumpul di suatu lingkungan yang sama, misalnya di dalam tanah, di dalam kotoran hewan, di dalam sampah-sampah, di dalam parit, dsb.
Tidaklah mudah untuk menyelidiki pengaruh atau hubungan hidup antar spesies tersebut. Namun, pengaruh timbal-balik itu pastilah ada. Pengaruh itu mungkin baik, mungkin buruk, mungkin juga pengaruh itu tidak mempunyai efek sama sekali.
Hidup bersama antara mikroorganisme menciptakan suatu pengaruh tersebut. Hubungan antar spesies itu dapat dibedakan sebagai berikut:
Tidak Saling Mengganggu (Netralisme)
Sangat boleh jadi di dalam tanah atau di dalam kotoran hewan terdapat banyak spesies yang dapat hidup bersama. Hidup bersama antara mikroorganisme tersebut tidak saling merugikan, tetapi juga tidak saling menguntungkan. Meskipun, di dalam satu lingkungan (atau medium) yang sama, namun masing-masing spesies memerlukan zat-zat yang tertentu bagi diri masing-masing sehingga tidak perlu ada perebutan zat makanan. Baik terpisah, maupun terkumpul, mereka dapat hidup sendiri-sendiri. Hubungan yang demikian itu kita sebut netralisme.
Persaingan atau Kompetisi
Hubungan antara mikroorganisme berikutnya ialah persaingan atau kompetisi. Kebutuhan akan zat makanan yang sama dapat menyebabkan terjadinya persaingan antar spesies. Spesies yang dapat menyesuaikan diri paling baik, itulah spesies yang akan mengalami pertumbuhan subur.
Sebagai contoh, bila persediaan oksigen dalam suatu medium berkurang, maka bakteri aerob akan dikalahkan oleh bakteri fakultatif anaerob. Jika persediaan oksigen habis sama sekali, maka pertumbuhan bakteri fakultatif anaerob tadi akan berhenti, sedang bakteri anaerob akan tumbuh dengan suburnya.
Pada umumnya, dapatlah kita katakan bahwa dua spesies yang hidup bersaingan itu akan saling merugikan. Mereka jika ditumbuhkan di dalam suatu lingkungan (medium) yang sama, dan akhirnya yang menanglah yang dapat bertahan, sedang yang kalah akan punah.
Hidup Berlawanan (Antagonisme)
Antagonisme menyatakan suatu hubungan yang asosial. Mikroorganisme yang satu menghasilkan sesuatu yang meracuni mikroorganisme yang lain, sehingga pertumbuhan mikroorganisme yang terakhir itu sangat terganggu karenanya.
Zat yang dihasilkan oleh suatu mikroorganisme berlawanan dengan kehidupan mikroorganisme yang lain. Sehingga pertumbuhan mereka terhambat dalam satu lingkungan hidup bersama. Dengan kata lain, satu mikroorganisme dapat hidup jika terpisah dari mikroorganisme yang bersifat antagonis dengan mereka.