Berikut ini adalah mekanisme yang mengontrol respon imun yang terjadi pada tubuh manusia:
Regulasi oleh Antigen
Antigen diperlukan untuk inisiasi respon imun dan derajat respons tersebut dipengaruhi faktor genetik (gen MHC). Tidak semua suntikan antigen menimbulkan respons imun. Respons imun tergantung dari dosis, waktu pemberian, sifat dan komposisi antigen (protein atau hidrat arang). Bila antigen mempunyai imunogenisitas genetik rendah, gabungan dengan ajuvan dapat meningkatkan respons imun.
Regulasi oleh Antibodi
Pembentukan antibodi berakhir dalam feedback inhibition. Antibodi dapat meningkatkan atau mencegah (IgG, feedback negatif) produksi imunoglobulin.
Timbulnya antibodi IgM berakhir dalam shut-off dan sintesis IgG. Hal ini diduga terjadi oleh karena ada kompetisi antigen dan reseptor untuk IgG pada permukaan sel B. Demikian pula bila kadar antibodi meningkat, kadar antigen akan menurun.
Toleransi
Toleransi yaitu tidak terdapatnya respons imun pada seseorang yang imunokompeten, yang kurang mengekspresikan imunitas humoral atau seluler terhadap satu atau lebih antigen spesifik. Jadi, toleransi adalah defek seluler spesifik yang diduga disebabkan oleh hilangnya fungsi sel B atau sel T yang reaktif. Adanya toleransi spesifik terhadap sel antigen memungkinkan kita dapat hidup, tumbuh dan berkembang.
Toleransi adalah epitop spesifik, tidak adanya respons terhadap semua atau hanya beberapa epitop dari antigen tertentu. Deviasi imun (split tolerance) hanya mengenai respons humoral atau seluler, tetapi tidak keduanya. Untuk induksi toleransi sel T diperlukan jumlah antigen yang 1000 kali lebih kurang dibanding untuk induksi toleransi sel B.
Ada beberapa faktor eksogen yang dapat merusak toleransi. Akibatnya dapat berbahaya, tergantung dari derajat kerusakan toleransi. Penyakit autoimun adalah akibat hilangnya sel tolerance. Toleransi tidak diinginkan terhadap infeksi, tetapi sangat diperlukan pada transplantasi. Perlu diketahui bahwa toleransi adalah antigen spesifik dan harus dibedakan dari non-responsif pada sistem imun yang terganggu/rusak.